Yami Yugi được giải thoát vào lúc Yugi hoàn thành trò chơi ngàn năm. Cậu xuất hiện và giúp chú nhóc Yugi. Từ lúc đối đầu với Bakura, Yugi phát hiện rằng Yami Yugi chính là nhân cách thứ hai của mình. Và trên đảo Pegasus, sau khi hạ gục Pegasus, Yami Yugi đã được Pegasus nói về sự tà ác của các bảo vật ngàn năm. Yami Yugi muốn tìm về quá khứ của mình.

Sau khi hạ gục Yami Marik và có 3 lá bài thần linh, Yami Yugi bắt đầu hành trình đi về quá khứ. Cậu ta mới biết mình là Pharaoh thứ 18 của Ai Cập 3000 năm về trước. Cậu ta đã chiến đấu một cách rất dũng cảm trước The Thief Bakura mà trong trận đó, Shadi là người bị dính đòn của diabound, là bóng ma của Bakura. Trong trận chiến với sức mạnh bóng tối, Akunadin bán linh hồn mình cho bóng tối, trở thành pháp sư bóng tối, Kalim bị thiệt mạng đầu tiên, kế tiếp Shadi đỡ đòn cho Yugi rồi cũng thiệt mạng. Sau đó Yugi và các bạn đến kịp, nói cho Yami Yugi tên của cậu là Atem. Còn Hasan (chính là Shadel) bị Zorc tiêu diệt. Sau đó Atem gọi tên mình. Đó là câu thần chú để cả ba vị thần trong xấp bài của Yugi xuất hiện trên bầu trời. Ba vị thần dung hợp tạo thành vị thần tạo ra ánh sáng Horakhty và đánh thắng sức mạnh bóng tối của Zorc.

Khi quay về hoàng cung tìm Seto, Atem đã quyết đấu với Seto (bị Akhunadin điều khiển). Sau khi Kisara (Cô gái mang linh hồn sở hữu thần rồng trắng,và được coi như người yêu kiếp trước của Seto) tiêu diệt Akunadin, Atem đã nhường ngôi lại cho Seto rồi ra khỏi thế giới ký ức.

Trong tập cuối, sau khi Atem còn một nhiệm vụ cuối cùng phải làm là đi qua thế giới bên kia nhằm phong ấn các bảo vật cổ ngàn năm mãi mãi tránh xa bàn tay con người. Muốn làm được điều này Atem cần hoàn thành một nghi lễ là Nghi thức đấu bài (Ceremonial Battle) và chỉ khi có một người chiến thắng được cậu thì linh hồn cậu mới sang được thế giới bên kia. Kaiba Seto đã muốn đấu trong cuộc chiến nghi thức này để phân cao thấp. Cả Jonouchi cũng muốn đấu với cậu lần cuối. Tuy nhiên thì cuối cùng, Yugi mạnh dạn đã đứng ra đấu bài với Atem. Vì với cậu đây là điều cuối cùng cậu có thể làm được cho Atem. Trận đấu không đúng với tên gọi. Nó không phải là một cuộc chiến hình thức mà là một trận quyết đấu giữa cả hai Yugi. Cả hai đã chiến đấu hết mình để giành chiến thắng với những mục tiêu riêng của mỗi người. Atem nửa muốn hoàn thành trách nhiệm, nửa lại muốn được ở lại với Yugi và những người bạn. Cậu rất cảm kích ý chí và tấm lòng của Yugi nên đã dồn hết sức chiến đấu hết sức mạnh mà cậu có. Đây thực sự là một thử thách rất lớn dành cho cả hai người. Họ đã từng sát cánh bên nhau, cùng nhau chiến đấu trước mọi đối thủ, nhưng lần này định mệnh đã sắp xếp cho hai cậu phải đấu với nhau. Đối với Yugi mà nói đây là trận đấu đầu tiên mà cậu đấu với Nửa kia của mình và cũng là trận đấu cuối cùng của hai người bạn. Trận đấu này có ý nghĩa rất lớn đối với Yugi. Đó chính là minh chứng cho sự trưởng thành của Yugi, không hề nao núng dù đứng trước đối thủ mạnh như Atem, là mục tiêu mà cậu luôn muốn phấn đấu. Điều đáng nói ở đây là cậu muốn dành hết sức mình để chiến thắng Yugi không vì mục đích gì khác ngoài mong muốn giúp cho Atem có thể thoát kiếp lang thang nơi cuộc sống con người, có thể đầu thai và bắt đầu một tương lai tốt đẹp hơn. Yugi muốn cho Atem thấy rằng cậu đã mạnh mẽ lên rất nhiều sau khoảng thời gian được ở bên Atem, để Atem có thể thanh thản ra đi. Cuộc chiến đấu bài diễn ra hết sức quyết liệt là minh chứng cho tinh thần thượng võ của người chơi bài ma thuật với sự tôn trọng đối thủ đấu của mình.

Atem đã triệu hồi được cả ba lá bài thần trong cùng một lượt. Điều này cho thấy cậu đã quyết tâm để được ở lại. Còn Yugi đã dũng cảm đánh bại được sức mạnh thần linh từ cả ba lá bài thần. Cho đến giây phút quyết định, lúc trận đấu quái thú của Atem đã bị tiêu diệt hết, cậu quyết định ra lá bài Hồi sinh quái thú của mình để hồi sinh Rồng của bầu trời Obelisk nhằm ra đòn ấn định chiến thắng thì Yugi đã đi trước một bước, đặt lá Hồi sinh của mình vào trong một lá bài Chiếc hộp phong ấn, chính là để vô hiệu hóa lá bài Hồi sinh quái thú của đối thủ. Điều đặc biệt ở đây là chiếc hộp có hình dáng giống với chiếc hộp mà Yugi cất giữ Trò chơi ngàn năm, hay nói cách khác đây chính là Chiếc hộp Tình bạn của cả hai người. Mà theo Ishizu Ishtar, đó chính là thông điệp Yugi muốn gửi đến cho Atem rằng linh hồn đã chết không nên vương vấn chốn nhân gian, Pharaon phải ra đi để bắt đầu một cuộc sống mới cho Ngài. Yugi đã thắng và Atem sẽ đầu thai để bắt đầu một tương lai mới. Trước khi, Atem bước qua cánh cửa để đến thế giới bên kia, những người bạn đã hứa với nhau sẽ mãi nhớ về nhau, luôn mãi là bạn của nhau.

Như lời Yugi đã nói: "Đây không phải một câu chuyện về một Pharaon vĩ đại. Vì mỗi người đều có một câu chuyện riêng của mình. Và câu chuyện đó luôn kết thúc với một ánh sáng hi vọng. Và câu chuyện của tôi chỉ mới bắt đầu mà thôi...".